故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温 文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），

故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀