在银河的中心支配宇宙的贵族联合舰队与在贵族联合军中崭露头角的贝蒂率领的新贵族舰队发生激烈冲突。这场关系着宇宙命运的战斗以新贵族舰队的胜利告终。之后，贝提建立了神圣帝国，成为初代皇帝。但是这场战争带来的并不是和平，而是新的专制制度的开始……于是，为打倒贝提政权而站起来的是密雪尔率领的人民军。有一天，他们潜入了贵族的结婚仪式，成功夺取了领土战舰，但被玛可涅率领的神圣皇帝军舰队的追击击败。当密雪尔被投降的人献出去时，将宇宙的黑暗切断的光芒贯穿了玛可涅的巨型舰。这道光，代表了库雷奥所率领的玻璃舰队压倒性的强大

《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”，高呼着团结就是力量的“德川家康”，矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园，还会有明天吗？